文献検索は「習うより慣れろ」!〜Pubmed編〜

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January 24, 17

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文献検索は「習うより慣れろ」!〜Pubmed編〜
Better Practice in Literature Searching! ~Pubmed Edition

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滋賀県立総合病院 化学療法センター 腫瘍内科医

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各ページのテキスト
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文献検索は「習うより慣れろ」! 〜Pubmed編〜

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文献検索って何だかよくわからないんですが… ▪ 臨床で疑問にあたった時にどのように情報検索を行うか ◼ ◼ ◼ 同僚・先輩に相談する 教科書などを見る Googleなどの検索サイトで検索する ▪ それでもほしい情報が得られない場合に、 より広範囲かつ専門的な情報を検索したい・・・ 論文を自由に検索できれば より質が高く、より多くの情報に アクセスできる Pubmedを触ったことがない 論文は何が書かれているのか どういう構成なのかわからない どういう種類の論文があるのかわからない

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そもそも論文を読んだことがない…

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文献はどこから探せばいいの? ▪ 一次情報を探す ◼ ◼ ◼ Pubmed 言わずと知れた文献検索のスタンダード Google Scholar Googleが提供する新鋭の文献検索サイト 医中誌 日本語文献が収録されているサイト ▪ 二次情報を探す ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ UpToDate 良質で最新のテーマ別Review. 要契約 個人契約は研修医2万円/年 一般5万円/年 DynaMed UpToDateと競合。UpToDateがやや全般的情報、 DynaMedが各論やピンポイント情報に強い傾向。 Cochrane Library Systematic Review等のエビデンス情報 Clinical Key 文献&教科書集。旧MD Consult 当院利用可 今日の臨床サポート 本邦の診療情報や保険適用に対応

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論文の種類はどんなものがあるの? ◼ Article 原著論文 ◼ ◼ ◼ Case Report 症例報告 ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ 1つの Article にはならないが速報性を重視するもの Nature のようにこれが1つの論文として扱われる雑誌もある Comment, Correspondense 論説、論評など ◼ ◼ 1つのテーマについて多数の論文を引用して整理しまとめたもの Short paper, Letter, News 短報 ◼ ◼ 実際に経験した症例について考察などを加えて報告したもの Review 総説 ◼ ◼ 1つの研究成果をまとめた論文の基本単位 基礎研究論文も臨床研究論文も、その合間の「橋渡し研究」も 投稿された論文に対して投稿された低減・疑問提起・異議 他の雑誌に投稿された話題となった論文の紹介など Abstract 抄録(学会抄録など) その他(修正、撤回、チュートリアル、お知らせ)

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Article の構成はこうなっている ◼ Abstract 要約 ◼ ◼ Introduction 導入 ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ 試験はどのような母集団・施設でどうやって実施したか 第I/II/III相、前向き/後ろ向き、ランダム化/盲検化/コホート等 使った薬剤量や使用方法は何か、効果をどうやって測定したか 統計解析はどうやって行ったか Results 結果 ◼ ◼ なぜこの研究を行ったか、どういう点が新しい知見なのか 何が解明されており、何はまだ解明されていないか Materials and Methods 方法 ◼ ◼ 論文の概要を数百 words 程度で簡単に示す 何人の被験者から、どのような測定結果が得られたか Discussion 考察 ◼ ◼ ◼ 測定結果から何が考えられるか、どう解釈するか Limitation(この研究の欠点や限界やバイアス)は何か 今後何が期待されるか、今後どのような検討が必要になるか

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実際の Article の構成を見てみよう この部分全体が Abstract タイトル:進行肝癌に おけるソラフェニブ 著者 背景(Background):なぜ この研究を行うに至ったか 試験デザイン(Methods): 研究実施方法、母集団など 測定結果(Results) 結論(Conclusions): この研究から何が言えるか Llovet et al. NEJM 2008, 378-390

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実際の Article の構成を見てみよう 試験デザイン(Methods): 研究実施方法、母集団など 対象患者 試験デザイン

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実際の Article の構成を見てみよう アウトカムと評価方法 統計解析方法

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実際の Article の構成を見てみよう 結果(Result) 有効性:全生存期間

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実際の Article の構成を見てみよう 患者の割付のシェーマ

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実際の Article の構成を見てみよう 副作用・安全性 症状の増悪までの期間 画像的増悪までの期間 奏効率・病勢制御率 治療継続期間

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実際の Article の構成を見てみよう 患者の背景一覧

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実際の Article の構成を見てみよう 考察(Disucussion)

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実際の Article の構成を見てみよう 効果の一覧

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実際の Article の構成を見てみよう 生存期間曲線 症状無増悪期間曲線 画像的増悪期間曲線

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実際の Article の構成を見てみよう Forest plot 副作用発現頻度

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実際の Article の構成を見てみよう Appendix

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実際の Article の構成を見てみよう 引用文献一覧

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論文が掲載されるジャーナルにも様々なものが ▪ Major journal の名前を見てみよう ◼ ◼ ◼ 臨床系でNEJM, the Lancet, JAMA などが有名 研究色が強いものでは Nature, Nature Medicine 専門分野毎のジャーナル ◼ ◼ 学術出版社が出版 ◼ ◼ Nature, Science 学会団体などが出版 ◼ ◼ Circulation, Gastroenterology, Am J Gastroenterology, Blood JAMA, Circulation, Gastroenterology 日本の学会も出版している ◼ Journal of gastroenterology, Hepatology Research

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ジャーナル名は略称で記載される ▪ 検索サービスや引用文献一覧では略称で記載される ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ NEJM, N Engl J Med = New England Journal of Medicine Nat Med = Nature Medicine Nat Genet = Nature Genetics Nat Rev Clin Oncol = Nature Review Clinical Oncology Am J Gastroenterol = American Journal of Gastroenterology Am J Pathol = American Journal of Pathology JCO, J Clin Oncol = Journal of Clinical Oncology Lancet Oncol = the Lancet Oncology ▪ 初めからすべて覚える必要はない。 ある程度の規則性があるので徐々に慣れる。

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引用文献一覧から文献をたどることもできる UpToDate H.Pylori の微生物学と疫学 タイトル H.Pylori著者 発見の論文 掲載場所 Pubmedへのリンク

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論文のありかを示す「住所」 ページ 巻・号 発行年 雑誌名 ▪ Lancet. 1984;1(8390):1311. ▪ ジャーナル毎に様々な表記法がある Nature 486, 537-540 (2012) ◼ Nature の表記法 ◼ NEJM の表記法 Nature 486:537-540, 2012 ◼ J Clin Oncol の表記法 Nature 2014;486:537-540

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ジャーナルごとに掲載される論文の性格がある ▪ 例えば臨床腫瘍学のトップジャーナルを比べてみても… ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ JCO = 米国臨床腫瘍学会 ASCO のガイドラインそのものや、 ガイドラインが変わるくらいの臨床研究が多い NEJM = 腫瘍学を専門にする医療者以外にも通用する文献 Lancet Oncol = ほとんどが大規模な国際第3相試験など Ann Oncol = 第1,2相や Negative Study も掲載される Support Care Cancer = 緩和ケア領域専門 ▪ Impact Factor などだけでなく、「どのような性格の ジャーナルに掲載されるか」も参考になる

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Impact Factor ってなんだ? ▪ Impact factorとは「そのジャーナルに掲載された論文 が平均して何回引用されたか」という数値 ◼ 30報を掲載した雑誌で、合計150回引用されたら IF 5 ▪ 同一分野ではジャーナルの著名度の指標になるが、 分野が異なると比較はできない

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オープン・アクセス・ジャーナルってなんだ? ▪ 残念ながら多くのジャーナルは有料雑誌 ◼ ◼ ◼ かなり高い。個人で年間数万円、論文1本は1,000〜3,000円 最近は印刷できない代わりに500円程度のものも (Nature系雑誌とreadcubeやiPhoneアプリとの連携など) 当院は施設契約されている電子ジャーナルが少なめ… ▪ オープン・アクセス・ジャーナルは無料で読める ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ 読者が購読料を払うのではなく、論文投稿者が掲載料を支払う PLoS ONE, Nature Communications, etc. Lancet, NEJMなど普段はオープン・アクセスでないが特に注目 を浴びたい論文をオープン・アクセスにすることがある 近年はオープン・アクセスへの移行が進みつつある。 数年後には多くのメジャージャーナルがオープン化される?

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PUBMEDも「習うより慣れろ」!

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Pubmed は文献情報の宝庫 ▪ 論文界の Google! ◼ ◼ ◼ ◼ 英語圏の医学・生命科学系のほとんどの文献を検索できる 検索・Abstract(要約)の閲覧は無料 画面右上に文献本文のページへのリンクが付いており、 各ジャーナルの該当ページに飛ぶことができる(後述) アメリカの国立医学図書館の下部組織 NCBI が運営

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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 検索窓 データベース 種類 カスタマイズ

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Google Scholar も論文検索の強力なツール ▪ Pubmedより歴史は浅いがGoogleの学術情報検索サイトである Google Scholarを使う人も増えてきている ▪ 今回はPubmedメインでお話をするのでGoogleのことはまたの機会 に・・・

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Pubmed の使い方を見てみよう ▪ 検索語句が決まっている場合は基本の使い方は Google と同じ ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ 検索ボックスにキーワードを入れて Enter! ハイフン、%などの記号は除いて半角スペースにする ギリシア文字は英語に直す(β→bまたはbeta) 熟語は” “で囲む 例:β-blocker → “beta blocker” ▪ AND検索、OR検索、()の使い方 ◼ pathology AND lung AND (adenocarcinoma OR squamous cell carcinoma) 「肺腺癌または肺扁平上皮癌の病理組織」

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山中伸弥先生の iPS細胞論文 を検索してみる ▪ ノーベル賞受賞に繋がったマウスiPS細胞の論文 Induction of pluripotent stem cells from mouse …

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キーワードに対応する検索結果が表示された! 目的の論文があった!

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実際のPubmedのページはこんな感じ 本文へのリンク ジャーナル タイトル 著者 この論文を読んでいる人は こんな論文も読んでいます 要約 言及文献 DOI PMID オープンアクセス

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Full text linkをクリックすると・・・ ジャーナルの公式webサイト PDF入手

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論文のPDFがダウンロードできた!

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もう少しPUBMEDを使ってみよう…

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検索結果の論文が多すぎて調べきれない・・・ ▪ 検索結果に何千件も表示されるときは絞り込みをしよう

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iPS細胞の山中論文を絞り込むには・・・ ▪ ノーベル賞に繋がったiPS細胞の山中論文は 2006年の生物学雑誌「Cell」に掲載されている・・・ ◼ ◼ ◼ 著者 author Yamanaka 掲載ジャーナル source Cell 掲載年 date of publication 2006年

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他にもある絞り込みの種類 ▪ 絞り込みを組み合わせて目当ての論文を探し出す ◼ ◼ ◼ ◼ 複数キーワード絞り込み AND, OR ソースのジャーナル絞り込み [so], [ta] 著者絞り込み [au], [fau] full author, [1au] 1st author 発行年絞り込み [dp] date of publication ◼ ◼ ◼ ◼ ページ絞り込み [pg] タイトル絞り込み [ti] ジャーナル種類絞り込み [pt] paper type ◼ ◼ ◼ 2016[dp], 2016/08[dp], “last 3 years”[dp], 2014:2016[dp] “Clinical trial, Phase III”[pt], review[pt], Meta-analysis[pt] フルテキスト入手可能 full text[sb], free full text[sb] 要約あり “hasabstract”

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実際に使ってみよう ◼ ソラフェニブの論文を見てみよう sorafenib AND N Engl J Med[so] AND 2008[dp] ◼ 大腸癌のレビューを検索してみよう Colorectal carcinoma AND review[pt] ◼ 院長先生の論文を検索してみよう Miyachi Yoshiki[au]

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My NCBI を使えばさらに便利なPubmed ▪ メールアドレスを登録し、Pubmedの便利機能を使う ◼ ◼ ◼ ◼ ◼ ブックマーク機能、フィルター機能などを使う 検索履歴を参照する 定期的に使う検索式を保存しておく 登録キーワードに合致する論文が出るとメール通知される 自分の業績文献を登録する・公表する

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興味がある論文が出たときに通知する機能も… キーワードに合致する論文を 定期的にメールで通知させる

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論文をどうやって入手したらいいの? ◼ オープンアクセスジャーナル以外はほぼ有料(しかも高価!) ◼ 本来は施設でオンラインジャーナル契約をしてもらいたい Clinical Keyが使えるようになって少しずつ充実しはじめた… ◼ 大学院生・研究生・大学非常勤講師になれば 大学の電子ジャーナルに遠隔アクセスできることも (一部の私立大学などは全卒業生にも利用権を認めている!) ◼ その他の方法・・・

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おまけ 文献管理アプリの話

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文献PDFが増えてきて管理に困る! ▪ どんどん勉強していると文献がたまるばかり・・・ ◼ 紙ベースで保存:場所を取る、紛失する、探しにくい ◼ PCのフォルダで管理: はじめはいいが 文献が増えると大変!

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文献管理アプリとは何か? ▪ 音楽を iTunes で管理するように 写真を Windows フォト や iPhoto で管理するように 文献も専用アプリで管理するソフト ◼ タイトル・ジャーナル名・著者名・発行年の一覧表示 ◼ PDFファイルを収納して簡単に検索できる ◼ メモ・PDFへの書き込み機能 ◼ 引用文献一覧を簡単に貼り付けることができる ◼ アプリによってはWebで他の研究者との連携機能もある

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どんなアプリがあるのか? ▪ 多数の論文PDFなどを効率よく管理するためのアプリ ◼ ◼ Endnote 老舗文献管理ソフト ◼ 歴史もあり高機能でよく使われているがかなり高価(5万円!)。 ◼ Wordと連携して論文執筆に有用な機能が充実している。 Mendeley フリーソフトでは最もメジャー ◼ ◼ ◼ Papers 2, Papers 3 mac生まれ ◼ ◼ ◼ 基本利用は無料だが論文をたくさん(数百本?)入れると有料。 インストール版とWeb版の連携に強み。 見た目がキレイ。数千円(為替変動あり)。 Papers 3 はクラウド対応やiPad連携できるが日本語対応に難あり Readcube Webから来た新興勢力 ◼ ◼ ◼ PDFに依存しない文献管理を意識した新興ソフト。 多数の文献を管理する機能は少し頼りない。 Natureなどとの連携機能あり

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文献管理アプリはどれを使えばいいの? ▪ まずはフリーの Mendeley がオススメ。 ▪ 見た目・細かい使い勝手にこだわるなら 他のアプリの体験版を使ってみる ▪ Endnote は職場により公費・研究費で買えるかも? ▪ 自分が使いやすいと思ったものを使えば良い

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文献検索は「習うより慣れろ」!