teal の話

1 teal の話 西川 寛来 2026-04-08 R with Pharma Lab#1

スライドはこちら 2 https://nissinbo.github.io/RwPL_1_teal/ R with Pharma Lab#1

• https://nissinbo.github.io/RwPL_1_teal/

自己紹介 3 西川寛来 製薬業界で修行中 LinkedIn GitHub R with Pharma Lab#1

• https://www.linkedin.com/in/tomokinishikawa/
• https://github.com/nissinbo

こんな話をします 🙆 4 とはなにか “あの日の CRAN” を使う OSS contribution について teal R with Pharma Lab#1

5 teal とはなにか R with Pharma Lab#1

6 teal で治験データ分析ダッシュボードを作るための R パッケージ Shiny GitHub 社の Insights Engineering が開発 teal を用いた FDA submission の検証が行われた Roche/Genentech Submission Pilot 2, Shiny app Submission Pilot 4, Shiny app R with Pharma Lab#1

• https://github.com/insightsengineering
• https://github.com/RConsortium/submissions-pilot2
• https://github.com/RConsortium/submissions-pilot4-webR
• https://github.com/insightsengineering/teal

活用場面 7 データモニタリング 照会事項対応 事後解析 探索的な解析 (将来的には) 承認申請 💁 治験データのダッシュボードでやれることは多い R with Pharma Lab#1

製薬企業の採用事例 8 GSK PHUSE US Connect 2024 Sanofi PHUSE US Connect 2025 BMS, JnJ, Sanofi, Roche PHUSE Working Group Events これ以外にも事例は増えている印象。日本でもやっていきましょう R with Pharma Lab#1

• https://phuse.s3.eu-central-1.amazonaws.com/Archive/2024/Connect/US/Bethesda/PRE_OS16.pdf
• https://phuse.s3.eu-central-1.amazonaws.com/Archive/2025/Connect/US/Orlando/PRE_SD11.pdf
• https://www.phuse-events.org/attend/frontend/reg/tOtherPage.csp?pageID=74587&eventID=106&traceRedir=2

teal で作った Shiny はこんな感じ 🙋 teal.gallery efficacy 1.00 0:00 / 1:19 R with Pharma Lab#1 9

• https://rinpharma.shinyapps.io/nest_efficacy_stable/

R with Pharma Lab#1

実装の雰囲気

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app.R

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# load libraries
library(teal)
library(teal.modules.general)
library(teal.widgets)
library(sparkline)

1

# teal_data object
data <- teal_data()
data <- within(data, {
ADSL <- teal.data::rADSL
ADTTE <- teal.data::rADTTE
})
join_keys(data) <- default_cdisc_join_keys[names(data)]

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# initialize the app
app <- init(
data = data,
modules = modules(

3

治験データでよく行われる分析手法をモジュールとして利用可能
裏では tern パッケージが動いている
R with Pharma Lab#1

• #p11

teal を使うメリット 11 インタラクティブな探索 ユーザー自身でフィルタの操作や、カスタムレポートを出力 解析部門の負担を減らし、エンドユーザーの満足度を高める コード管理による効率性と再現性 試験間での横展開がしやすい アプリ上の操作を再現する R コードを出力 モジュールによる標準化 生物統計に特化しており、要求に素早く対応 ダッシュボードの作り方を揃えやすい R with Pharma Lab#1

モジュールの探し方 12 R with Pharma Lab#1

teal.modules.* のパッケージで各モジュールが利用可能 teal.modules.general, teal.modules.clinical R with Pharma Lab#1

• https://insightsengineering.github.io/teal.modules.general/latest-tag/reference/index.html

UI で簡単にデータをフィルタリング R with Pharma Lab#1 13

R with Pharma Lab#1

カスタムレポートを作る 14 表やグラフを組み合わせてレポートを出力可能 (html, pdf, pptx, docx) R with Pharma Lab#1

アプリ上の操作をコードとして出力 https://rinpharma.shinyapps.io/nest_efficacy_stable/ R with Pharma Lab#1 15

• https://rinpharma.shinyapps.io/nest_efficacy_stable/

コードをコピペして実行すると… R with Pharma Lab#1 16

結果が再現された！ 17 Code Table of BESRSPI for CR and PR Responders Stratified by STRATA1 —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— A: Drug X B: Placebo C: Combination (N=133) (N=141) (N=126) —————————————————————————————————————————————————————————————————————————————— Responders 131 (98.5%) 134 (95.0%) 126 (100.0%) 95% CI (Wald, with correction) (96.1, 100.0) (91.1, 99.0) (99.6, 100.0) R with Pharma Lab#1

teal の歴史を歩む v0.16.0 -> v1.0.0 18 にメジャーアップデートした際の Changelog を見てみる R with Pharma Lab#1

• https://insightsengineering.github.io/teal/latest-tag/news/index.html

v1.0.0 で何が変わった？ 19 「UI を大幅刷新、bslib 使ってレイアウト改善したよ」とのこと R with Pharma Lab#1

UI を比べてみる v0.16.0 20 v1.0.0 めっちゃ変わった!!! 全体的にモダンなデザイン モジュール選択がタブからドロップダウンに フィルタパネルの位置が変わった R with Pharma Lab#1

• https://nissinbo-teal-efficacy-0-16-0.share.connect.posit.cloud/
• https://nissinbo-teal-efficacy-1-0-0.share.connect.posit.cloud/

21 あの日の CRAN” を使う “ R with Pharma Lab#1

バージョンを指定してインストールはできるけど… パッケージのインストールには pak::pak() が便利です。使いましょう。 1 # バージョンを指定してインストール 2 pak::pak("[email protected]") デフォルトでは CRAN binary archive から指定バージョンをインストール 指定したパッケージ以外は「本日の CRAN」を参照する 依存パッケージはどうなる？ 複数パッケージをバージョン指定してダウンロードしたい時は？ 🤔 依存パッケージなども含めて”当時の環境”をそのまま再現したい R with Pharma Lab#1 22

• http://localhost:4979/?print-pdf/
• https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive

P3M とは？ 23 Posit Public Package Manager (P3M) 社が提供する パッケージリポジトリ 指定した日付の CRAN snapshot を利用可能 Windows の例: https://packagemanager.posit.co/cran/2025-08-21 Posit R with Pharma Lab#1

• https://packagemanager.posit.co/cran/2025-08-21
• https://packagemanager.posit.co/client/

P3M を使って”あの日の CRAN” を使う pak::repo_add() 1 2 3 4 5 6 7 8 や pak::repo_resolve() で CRAN snapshot をリポジトリとして追加する # パッケージのバージョンを指定すると、CRAN リリースの翌日の snapshot を参照する pak::repo_add(CRAN = pak::repo_resolve("[email protected]")) # 直接日付を指定してもOK pak::repo_add(CRAN = "PPM@2025-08-21") # 指定した CRAN snapshot でインストール pak::pak("teal") 💁️ “あの日の CRAN” を使うテクニックは、製薬業界や承認申請周りで重要になりそう R with Pharma Lab#1 24

• http://localhost:4979/?print-pdf/

25 OSS contribution について R with Pharma Lab#1

teal に貢献してみよう 26 コミュニティが活発 プレゼンテーション・ウェビナーも頻繁に開催 Pharmaverse Slack のチャンネルもある 機能追加の要望が多い バグ報告 (= 伸びしろ) もまだまだある 開発チームが親切で、初心者歓迎の雰囲気 他社の統計プログラマーとの協働の機会 R with Pharma Lab#1

• https://pharmaverse.org/support/

OSS contribution の流れ 27 興味のある issue を見てみる good first issueから選ぶとよさそう 例: ggplot2 の deprecated な関数を置き換える 2. Fork して修正・動作確認 3. Pull Request 送信 4. レビュー対応 → マージ 🎉 1. R with Pharma Lab#1

• https://zenn.dev/ryo_manba/articles/a4c8609f658fa2
• https://github.com/insightsengineering/teal.modules.general/issues/629

PR を送ってみた 28 の重複削除で余計な列が入る問題 AE summary table のフィルタのバグ 些細な貢献かもしれないが、自分が使っているツールを自分で改善する体験は楽しい data table R with Pharma Lab#1

• https://github.com/insightsengineering/teal.modules.general/pull/983
• https://github.com/insightsengineering/teal.modules.clinical/pull/1466

29 まとめ R with Pharma Lab#1

やっていきましょう 30 🤝 teal 治験データのダッシュボード作成に最適 多くの企業で採用実績あり エンドユーザーが自分でレポートを作れる P3M で”あの日の CRAN” を使おう ♥️ OSS contribution まずは good first issue から 自分が使っているツールを自分で改善できる R with Pharma Lab#1

31 Enjoy 🙋 R with Pharma Lab#1

紹介しきれなかった teal のお役立ちリンク 大阪SAS勉強会: Be lazy with teal YouTube: teal workshop PHUSE US Connect 2024 Roche PHUSE US Connect 2025 CIM Global PHUSE US Connect 2025 Roche PHUSE US Connect 2026 Pfizer YouTube: Implementation of {teal} Shiny apps in DMC activity Appsilon Blog: Innovating pharma with teal Appsilon Blog: tealflow R with Pharma Lab#1 32

• https://tomokinishikawa.quarto.pub/osakasas2024/
• https://www.youtube.com/watch?v=rrLfHLfxVEE
• https://phuse.s3.eu-central-1.amazonaws.com/Archive/2024/Connect/US/Bethesda/PRE_DV04.pdf
• https://phuse.s3.eu-central-1.amazonaws.com/Archive/2025/Connect/US/Orlando/PRE_OS09.pdf
• https://phuse.s3.eu-central-1.amazonaws.com/Archive/2025/Connect/US/Orlando/PRE_OS13.pdf
• https://parmsam.github.io/2026-phuse-us-connect-teal-adv/
• https://www.youtube.com/watch?v=-LEVqskcAhk
• https://www.appsilon.com/post/innovating-pharma-with-teal
• https://www.appsilon.com/post/tealflow-automating-clinical-reporting-apps-with-ai-and-teal